墨西哥有多个重要的海运港口，其中曼萨尼约港在清关效率方面表现较为突出。
曼萨尼约港是墨西哥最重要的港口之一，承担着大量货柜运输和中转任务。该港口在清关效率方面具有诸多优势：国际知名港口运营商Contecon Manzanillo对其进行了现代化改造，投入3亿美元用于升级港口基础设施和扩展PIS系统。PIS系统利用大数据、人工智能以及物联网等技术，实现了从货物进港到清关再到出港的全程可视化管理。通过无纸化管理和电子检查，货物的进出口流程几乎可以实现秒级处理，有效减少了因纸质文件传递带来的延误和误差。同时，投资还推动了港口安全升级，保障了清关环节的安全性和合规性，进一步提升了整体清关效率。
此外，拉萨罗·卡德纳斯港也是墨西哥太平洋沿岸的重要港口，是进入墨西哥城等内陆地区的重要通道。它的优势在于报关便捷、码头条件优越、可靠处理超巴拿马型船舶、堆场空间大、无拥堵问题，并且有四条铁路直通码头前沿，每天有稳定的火车班次和充足车皮供应，这在一定程度上也有助于提高清关效率。不过，当曼萨尼约港出现危机后，大量货主为规避拥堵与查扣风险，将货物改道至拉萨罗·卡德纳斯港，使其短期内货量暴增，由于码头与海关系统的扩容准备不足，导致拥堵与费用问题迅速出现，清关效率受到一定影响。
维拉克鲁斯港是墨西哥湾沿岸的主要港口，靠近墨西哥城，运输时间较短，设有专用货运码头和清关设施，能提供高效的清关服务。但整体而言，在港口设施的现代化程度和清关的数字化管理水平上，不如曼萨尼约港。
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