墨西哥专线清关速度较慢，主要是由以下多方面原因导致的：
清关流程繁琐：墨西哥清关需经过多个环节和审批。进口商要先向海关申报货物价值、数量、种类等信息并缴税，海关再对申报信息严格审核，检查货物与申报是否相符，还可能抽检或要求提供证明文件。若有问题，海关会要求进口商补充信息和文件，甚至扣留或销毁货物，这一系列复杂流程增加了清关时间和成本。
货物要求严格：墨西哥对进口货物的品质和安全要求极高，带电产品、粉末状固体、纺织品、鞋类等商品，需要审查相应的进口资质。此外，墨西哥还对某些特定类型的货物有着更加严格的要求，如电池、带电产品等需要提供相关证明文件和符合相关标准才能顺利清关。
海关管理特殊：墨西哥海关的管理结构复杂，关长、查验长和税务局之间为平级关系，相互制约。而且每半年更换一次关长，新任关长需要时间熟悉流程和政策，导致政策执行缺乏连续性和一致性，清关难度和复杂性增加，速度放缓。
政治和经济因素：政治不稳定和经济波动会影响清关。例如选举期间或政治动荡时期，海关会加强货物审查力度，经济不景气也会导致海关清关效率下降。此外，墨西哥一些主要港口如曼萨尼约港曾经历政治动荡和安全问题，港口由军队接管并严查，影响了清关时效。
物流基础设施不足：随着国际贸易增长，墨西哥港口容量达到饱和。2024 年前八个月，墨西哥港口的吞吐量总体增长了 14.8%，运输量增加使得港口处理能力不足，进口集装箱平均停留时间延长，清关成为主要瓶颈之一。
海关人手不足：墨西哥海关存在人员不足的问题，尽管业界呼吁延长海关业务时间和实施流程数字化，但困难重重。在拉萨罗卡德纳斯港，卡车司机平均要花费 6 小时才能提到集装箱，近一半时间用于办理海关手续，这也导致了清关速度缓慢。
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