马瑙斯自由贸易区的主要优惠政策包括：
（1）进口税：
①在马瑙斯自由区消费使用的所有进口商品（包括资本产品）全免进口税；②供在西亚马逊地区（包括帕拉、朗多尼亚、阿克雷、罗赖马等州）消费使用的并在1996年12月20日第300号联合部令中列出的商品全免进口税；③用于在马瑙斯工业区内企业组装和加工用的进口原、辅材料以及部件和组装件，其最终产品在销往巴西境内其它地区时，减征88%进口税（享受此优惠需事先审批）；④减征信息产品生产时需进口的有关部件进口税；⑤减征车辆生产时需进口的有关部件进口税。
（2）工业产品税（IPI）：
①所有在马瑙斯工业区生产的成品免征；②供在西亚马逊地区（包括帕拉、朗多尼亚、阿克雷、罗赖马等州）消费使用的并在1996年12月20日第300号联合部令中列出的商品免征；③进入马瑙斯工业区和西亚马逊地区的其它国产商品免征；④在西亚马逊地区（包括帕拉、朗多尼亚、阿克雷、罗赖马等州）利用当地农业和林业资源为原料生产的产品免征。
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